Art. 8. - Le secrétariat de la commission peut être assuré, par délégation du représentant de l'Etat dans la région, par le secrétaire général pour les affaires régionales. Le secrétariat prépare et propose aux présidents l'ordre du jour, le programme de travail de la commission, prépare le projet de rapport annuel et instruit les dossiers soumis à la commission.
Le secrétariat assure l'instruction des dossiers soumis pour avis par la Commission nationale des aides publiques aux entreprises.