Le conseil d'administration du SHOM comprend, outre son président, dix-neuf membres :
1° Cinq membres de droit représentant le ministre de la défense :
a) Le chef d'état-major des armées ou son représentant ;
b) Le délégué général pour l'armement ou son représentant ;
c) Le secrétaire général pour l'administration ou son représentant ;
d) L'amiral commandant les forces sous-marines et la force océanique stratégique ou son représentant ;
e) Le sous-chef d'état-major « opérations aéronavales » de l'état-major de la marine ou son représentant.
2° Cinq représentants de différents ministres, nommés par arrêté du ministre de la défense sur proposition du ministre concerné :
a) Un représentant du ministre chargé du budget ;
b) Un représentant du ministre chargé de l'industrie ;
c) Un représentant du ministre chargé des transports ;
d) Un représentant du ministre chargé de l'environnement ;
e) Un représentant du ministre chargé de l'outre-mer.
3° Le secrétaire général de la mer ou son représentant.
4° Quatre personnalités qualifiées choisies en raison de leur compétence et nommées par arrêté du ministre de la défense.
5° Quatre membres représentant le personnel de l'établissement dont :
a) Trois titulaires élus par le personnel civil pour trois ans suivant des modalités fixées par arrêté du ministre de la défense ;
b) Un militaire nommé par le directeur général, après tirage au sort parmi les volontaires issus du personnel militaire du SHOM.
Des membres suppléants sont désignés dans les mêmes conditions.
En cas de vacance survenant, pour quelque cause que ce soit, plus de six mois avant l'expiration du mandat d'un membre titulaire ou suppléant du conseil d'administration, il est procédé à son remplacement pour la durée restant à courir de ce mandat.