Le contrôleur suit la préparation du budget et de ses décisions modificatives. A cette fin, l'établissement lui communique les informations nécessaires en temps utile. Il vérifie le caractère sincère des prévisions de dépenses et de recettes et veille au respect des plafonds limitatifs de crédits limitatifs ouverts au budget de l'établissement.
Il reçoit à l'appui du projet de budget, avec ses annexes, un état retraçant les grandes composantes de la masse salariale et les perspectives la concernant, un échéancier prévisionnel des entrées et sorties de personnel permanent et non permanent, les actes relatifs à la passation des marchés publics et un état des prestations de service.
Il est informé des perspectives financières pluriannuelles et reçoit à ce titre une présentation détaillée des opérations d'investissement permettant de le renseigner sur la capacité d'engagement de l'institut.