Le conseil assure la cohérence des procédures d'évaluation mises en oeuvre dans les sections de l'agence. A ce titre, il précise, pour chaque section, le cadre, les objectifs, les critères et les modalités de déroulement de la procédure d'évaluation.
Il veille à ce que les critères et les procédures mis en oeuvre par l'agence prennent en compte la diversité de nature et de mission des structures et des formations évaluées ainsi que la diversité des champs disciplinaires conformément aux articles L. 112-1, L. 114-1 et L. 114-3-2 du code de la recherche et au chapitre III du livre Ier du code de l'éducation.
Il fixe également les conditions dans lesquelles sont réalisées les évaluations conduites à la demande des ministres compétents en matière d'enseignement supérieur et de recherche.