En dérogation à l'article 2 de l'arrêté du 3 juillet 2006 fixant les taux des indemnités de mission, l'indemnité journalière est allouée dans les conditions suivantes :
- 65 % au titre de la nuitée si l'agent est en mission entre 0 heure et 5 heures et sur présentation du justificatif d'hébergement ;
- 12,5 % pour le repas de midi si l'agent est en mission entre 12 heures et 15 heures ;
- 12,5 % pour le repas du soir si l'agent est en mission entre 19 heures et 21 heures ;
- 10 % pour les frais divers.
Lorsque l'agent bénéficie d'une prestation gratuite, qu'il s'agisse d'hébergement ou de repas, il ne peut prétendre à l'indemnité correspondante. Les frais divers peuvent lui être remboursés sur autorisation préalable de l'autorité qui autorise le déplacement et présentation des justificatifs.
Pour le calcul des indemnités, la mission commence à l'heure d'arrivée dans la localité, le port ou l'aéroport de destination, et se termine à l'heure de départ de ce même lieu pour le retour.