La sous-direction de la gestion budgétaire et de la comptabilité comprend :
1. Le bureau de la gestion budgétaire du titre 5 du programme « équipement des forces » ;
2. Le bureau de la gestion budgétaire des titres 2 et 3 du programme « équipement des forces » ;
3. Le bureau de la gestion budgétaire du programme « environnement et prospective de la politique de défense » ;
4. Le bureau de l'expertise réglementaire comptable ;
5. Le bureau de l'élaboration des documents comptables ;
6. Le bureau de la cohérence, de la fiabilité et de la traçabilité des données de gestion.