Le directeur fonctionnel peut être chargé dans les services centraux de la direction générale des douanes et droits indirects de fonctions de coordination, d'encadrement ou de pilotage de services requérant une expérience particulière des activités de cette direction générale. Il peut exercer une fonction de direction à la tête ou au sein d'un service à compétence nationale.
Il peut également se voir confier par le directeur général des douanes et droits indirects des missions particulières.