Les dispositions du présent arrêté sont applicables immédiatement après sa publication au Journal officiel aux installations nouvelles.
Les délais de mise en conformité avec le présent arrêté sont définis par arrêté préfectoral pour les installations autorisées antérieurement. Ils sont compatibles avec les délais qui peuvent être par ailleurs fixés dans le cadre des programmes d'action en vue de la protection des eaux par les nitrates d'origine agricole ou du programme de maîtrise des pollutions d'origine agricole. Ces délais ne pourront en aucun cas dépasser le 31 décembre 2006.
Les dispositions de l'article 4 ne s'appliquent, dans le cas des extensions des installations déjà autorisées, qu'aux nouveaux bâtiments d'élevage ou à leurs annexes nouvelles. Elles ne s'appliquent pas lorsqu'un exploitant doit, pour mettre en conformité son installation autorisée avec les dispositions du présent arrêté, réaliser des annexes ou reconstruire sur le même site un bâtiment de même capacité.