L'autorité chargée du contrôle financier sur l'Agence de maîtrise d'ouvrage des travaux du ministère de la justice, ci-après dénommée « le contrôleur », exerce une mission générale de surveillance de la gestion de l'établissement et des opérations relatives aux missions qui lui sont confiées. Elle contribue, notamment en vue de leur prévention, à l'identification des risques financiers, directs ou indirects, auxquels l'agence est susceptible d'être confrontée. A cette fin, elle s'appuie sur une analyse des risques et de la performance.
Dans ce cadre, le contrôleur peut évaluer, en liaison avec l'Agence de maîtrise d'ouvrage des travaux du ministère de la justice, les circuits et procédures mis en place. Il coordonne son intervention avec celle de l'agent comptable au titre du contrôle allégé partenarial.