Les projets de programmes pluriannuels de développement agricole et rural établis par les chambres régionales d'agriculture sont transmis à l'Assemblée permanente des chambres d'agriculture, qui les soumet, ainsi que son propre projet de programme, à son comité scientifique d'appui au développement et à l'innovation. Ce comité est composé de personnalités techniques et scientifiques qualifiées. Son président est nommé par le ministre chargé de l'agriculture après avis de l'Assemblée permanente des chambres d'agriculture.
Ce comité procède à l'évaluation des projets, au regard notamment de la cohérence des actions avec le contrat d'objectifs prévu au deuxième alinéa de l'article R. 822-1 du code rural conclu par le ministre chargé de l'agriculture avec l'Assemblée permanente des chambres d'agriculture agissant pour le compte des chambres d'agriculture. Les frais de déplacement et d'hébergement ainsi que toute autre indemnité éventuelle de temps passé peuvent être pris en charge par l'Assemblée permanente des chambres d'agriculture.
L'avis du comité est transmis par l'Assemblée permanente des chambres d'agriculture à chaque chambre régionale afin qu'elle procède, le cas échéant, à des modifications de son projet.
L'Assemblée permanente des chambres d'agriculture transmet ensuite au ministre chargé de l'agriculture l'ensemble des projets de programmes éventuellement modifiés, accompagnés de l'ensemble des avis de son comité scientifique.
Le ministre chargé de l'agriculture instruit les projets qui lui sont transmis et les approuve en tout ou partie. Les programmes ou parties de programmes approuvés sont alors intégrés au programme national pluriannuel de développement agricole et rural.
En application du 4° de l'article L. 811-1 du code rural et de l'article L. 820-2 du code rural, les établissements d'enseignement agricole participent aux programmes de développement agricole et rural.