L'autorité chargée du contrôle financier sur l'Ecole nationale de l'administration pénitentiaire, ci-après dénommée « le contrôleur », exerce une mission générale de surveillance de la gestion de l'établissement. Elle contribue, notamment en vue de leur prévention, à l'identification des risques financiers, directs ou indirects, auxquels l'établissement est susceptible d'être confronté. A cette fin, elle s'appuie sur une analyse des risques et de la performance.
Dans ce cadre, le contrôleur peut évaluer, en liaison avec l'Ecole nationale de l'administration pénitentiaire, les circuits et procédures mis en place.