Toute incorporation de biocarburant dans un carburant en entrepôt fiscal de stockage donne lieu à l'émission d'un « certificat d'incorporation » délivré par le titulaire de l'entrepôt fiscal de stockage au profit d'un ou plusieurs entrepositaires agréés détenteurs de stock de carburant. Ce certificat est émis de façon ponctuelle ou mensuelle.