La direction du contrôle de la sécurité comprend :
- la sous-direction des méthodes et de la qualité ;
- la sous-direction des personnels navigants ;
- la sous-direction de la navigabilité et des opérations ;
- la sous-direction de la navigation aérienne, des aéroports et de la sûreté.
Le service technique de l'aviation civile (STAC), service à compétence nationale, est rattaché à la direction du contrôle de la sécurité.