La direction des transports maritimes, routiers et fluviaux comprend :
La sous-direction des ports, des voies navigables et du littoral, constituée par :
- le bureau des infrastructures portuaires et fluviales ;
- le bureau de l'organisation et de la réglementation des ports et des voies navigables ;
- le bureau du littoral et de l'environnement ;
- la mission de l'organisation des services et de la décentralisation.
La sous-direction des transports maritimes et fluviaux constituée par :
- le bureau du développement économique des transports maritimes et fluviaux ;
- le bureau organisation et réglementation du transport maritime ;
- le bureau organisation, réglementation et sécurité du transport fluvial ;
- le bureau de l'observation économique et des statistiques des transports maritimes et fluviaux et des ports.
La sous-direction des transports routiers constituée par :
- le bureau de l'organisation du transport routier ;
- le bureau de l'économie du transport routier ;
- le bureau de l'organisation et de l'animation des contrôles des transports routiers.
La sous-direction du travail et des affaires sociales constituée par :
- le bureau de l'emploi, de la formation et de la protection sociale ;
- le bureau de la réglementation et du contentieux du travail des transports terrestres ;
- le bureau de la négociation collective, des statuts et de la représentation du personnel.
La mission du transport intermodal de marchandises.
La mission Europe et international.
Le directeur est assisté d'un adjoint.