Les centres de formation sont chargés de la mise en oeuvre des stages de formation et autres missions définis par l'échelon central du service. Ils sont implantés sur les sites suivants : Biscarrosse, Carcassonne, Grenoble, Melun, Montpellier, Muret, Saint-Auban-sur-Durance, Saint-Yan.
Les centres de formation comprennent :
- une division « instruction », chargée de la mise en oeuvre des programmes de formation (instruction sol et vol) ;
- une division technique, chargée de la mise en oeuvre et de la maintenance des moyens aéronautiques et de simulation concourant à la réalisation des activités ;
- une division ou cellule administrative, chargée du support administratif et financier du centre ;
- une unité chargée des moyens généraux (à l'exception du centre de Muret, rattaché sur ce plan à l'échelon central du service).
Les centres et en particulier les unités ci-dessus collaborent avec les départements correspondants de l'échelon central pour l'élaboration et l'évolution des méthodes et de fonctionnement du SEFA.