Le service national d'ingénierie aéroportuaire est principalement composé d'une direction, d'un secrétariat général et de départements techniques.
Pour l'exercice de ses missions, le service national d'ingénierie aéroportuaire comprend un siège à Paris et deux implantations, dans les Bouches-du-Rhône et en Gironde.
L'organisation interne du service national d'ingénierie aéroportuaire sera fixée par arrêté du ministre chargé de l'aviation civile.