Les meules destinées à être découpées en vue du conditionnement doivent faire l'objet d'un tri minutieux.
Seules les meules bénéficiant de l'appellation d'origine contrôlée « Comté » pourront faire l'objet d'une découpe.
Lors du découpage en vue du conditionnement, les portions présentant :
- une pâte trop humide ;
- ou un excès d'ouvertures ;
- ou des lainures continues ;
- ou un taux de matière grasse sur matière sèche élevé,
doivent être éliminées et ne peuvent être préemballées.
Les meules doivent être découpées dans un délai maximum de quinze jours francs après la sortie de la cave d'affinage. Dans cet intervalle, elles doivent être conservées entre 4 °C et 8 °C et à une hygrométrie au moins égale à 85 %.
Les portions conditionnées de plus de 40 grammes peuvent être débarrassées de la morge à condition qu'elles présentent obligatoirement une partie croûtée et grenée sur laquelle sera encore visible l'empreinte de la toile ou du moule.
Les portions d'un poids unitaire inférieur à 40 grammes ou celles destinées au râpé peuvent être écroûtées. Dans le cas d'une croûte trop humide ou détériorée, l'écroûtage doit être immédiat après découpe. Dans le cas d'un croûtage sain, il doit être réalisé dans les 8 heures qui suivent la première découpe. Les morceaux écroûtés ne peuvent être stockés à l'air que 72 heures ; au-delà ils doivent être mis sous vide. Le délai de report sous vide ne peut excéder 15 jours. Les chutes issues d'une activité de découpe doivent être utilisées sur le même site ou peuvent être utilisées sur un autre site s'il ne livre des portions écroûtées ou râpées qu'à des entreprises de seconde transformation.
Aucune opération simultanée sur un autre produit que l'appellation « Comté » ne doit interférer sur la ligne de découpe et de conditionnement.
Lors des opérations d'écroûtage et de râpage, la traçabilité doit être impérativement assurée.