Toutes dispositions sont prises pour limiter les quantités de déchets produits, notamment en effectuant toutes les opérations de valorisation possibles et économiquement acceptables.
Les déchets qui ne peuvent pas être valorisés sont éliminés dans des installations habilitées à les recevoir dans des conditions fixées par la réglementation en vigueur, notamment en ce qui concerne l'élimination des MRS et des sous-produits animaux.
Les sous-produits animaux de l'installation sont entreposés dans des conditions ne présentant pas de risques (prévention des envols, des ruissellements, des infiltrations dans le sol, des odeurs...) pour les populations environnantes, humaines et animales, et l'environnement. Ils sont éliminés ou valorisés conformément à la réglementation en vigueur.
Les matériels et outils jetables utilisés susceptibles d'être souillés par des matériels à risques spécifiés doivent être éliminés conformément au décret n° 97-1048 du 6 novembre 1997 relatif à l'élimination des déchets d'activités de soins à risques infectieux et assimilés et des pièces anatomiques et modifiant le code de la santé publique.