La mission Europe-équipement comprend trois pôles :
- un pôle d'expertise et de conseil sur les questions communautaires, qui anime la réflexion, apporte son expertise et son conseil pour le suivi des questions institutionnelles et des dossiers transversaux comme ceux des réseaux trans-européens de transports, des financements communautaires, des services d'intérêt général et des questions liées à la concurrence et aux aides d'Etat ; il assure les relations entre le ministère et le Parlement européen ;
- un pôle formation-information, qui organise des actions de formation et diffuse une information régulière sur l'Europe et les questions communautaires à destination des agents du ministère ;
- un pôle bilatéral, chargé de la coordination et de la gestion des relations bilatérales avec les pays de l'Union européenne ainsi qu'avec l'Islande, la Norvège et la Suisse et du suivi des négociations relatives à l'élargissement de l'Union européenne dans les secteurs relevant de la compétence du ministère.