Le contrôle des conditions de production est placé sous la responsabilité de l'Institut national des appellations d'origine.
Le non-respect, par les opérateurs, des conditions de production auxquelles ils sont soumis entraîne l'invalidation de leur déclaration d'aptitude.
Cette invalidation est décidée et notifiée par le directeur de l'Institut national des appellations d'origine qui peut consulter préalablement, pour avis, une commission dite « commission conditions de production ».
Lorsque le décret de l'appellation d'origine contrôlée concernée prévoit une demande d'identification parcellaire, la décision d'invalidation de la déclaration d'aptitude entraîne le retrait de la liste de la ou les parcelles identifiées en application du décret relatif à l'appellation d'origine contrôlée concernée.
L'invalidation peut être accompagnée de l'obligation de présenter un plan de mise en conformité des conditions de production.
L'invalidation de la déclaration d'aptitude entraîne pour l'opérateur concerné l'impossibilité de produire ou conditionner l'appellation d'origine contrôlée pour la campagne en cours. Les opérateurs peuvent retrouver leur capacité à produire ou conditionner l'appellation d'origine contrôlée au plus tôt lors de la campagne suivante et après avoir déposé auprès des services de l'Institut national des appellations d'origine une nouvelle déclaration d'aptitude.
Les modalités d'organisation du contrôle des conditions de production sont définies par une convention, approuvée par le comité national des produits agroalimentaires de l'Institut national des appellations d'origine, entre le directeur de l'Institut national des appellations d'origine et l'organisme agréé de l'appellation d'origine contrôlée concernée. Cet organisme est agréé par le comité national des produits agroalimentaires de l'Institut national des appellations d'origine, après avis du syndicat de défense de l'appellation d'origine contrôlée concernée. Cet agrément n'entre en vigueur qu'une fois la convention signée.