Le bureau de contrôle de gestion met au point, en liaison avec les sous-directions, les directions locales, les éléments de synthèse nécessaires à l'évaluation du fonctionnement du service. Il anime et coordonne la mise en oeuvre du contrôle de gestion des directions locales. Il définit, entretient et exploite la comptabilité analytique pour l'ensemble du service. Il prépare l'ensemble des éléments nécessaires au dialogue de gestion avec l'état-major de la marine.