L'Institut national des appellations d'origine est soumis au contrôle économique et financier de l'Etat dans les conditions prévues par le décret du 26 mai 1955 portant codification et aménagement des textes relatifs au contrôle économique et financier de l'Etat. Le contrôleur d'Etat a accès aux séances des comités nationaux et du conseil permanent. Il peut à tout moment exercer un contrôle sur les pièces comptables.