Des conseils spécialisés sont créés en tant que de besoin, au sein de l'office, après avis du conseil de direction.
Un arrêté conjoint du ministre chargé de l'agriculture et du ministre chargé de l'économie porte création du conseil spécialisé et fixe sa composition et ses modalités de fonctionnement.
Le conseil de direction détermine les missions qui lui sont confiées. Cependant, le ministre chargé de l'agriculture peut, en tant que de besoin, saisir directement les conseils spécialisés d'affaires particulières.
Les conseils spécialisés peuvent comporter des personnalités qui ne font pas partie du conseil de direction ainsi que des représentants d'organisations professionnelles représentatives ou d'intérêts économiques non représentés au conseil de direction.
Les présidents des conseils spécialisés sont nommés par le ministre chargé de l'agriculture après consultation du conseil spécialisé concerné. S'ils ne sont pas membres du conseil de direction, ils y siègent de droit avec voix consultative.
Chaque conseil spécialisé étudie les projets de décision qui lui sont soumis par le directeur et exprime son avis.