Durant l'exploitation, le préfet du département dans lequel est implanté le système peut demander à l'exploitant de remédier à tout défaut ou insuffisance du système ou de l'exploitation en matière de sécurité et imposer des mesures restrictives d'exploitation. Il peut en outre lui demander de procéder ou de faire procéder par un expert ou organisme qualifié agréé à un diagnostic de la sécurité du système.
Si la sécurité lui paraît compromise, notamment si l'exploitant ne se conforme pas aux prescriptions des règlements de sécurité ou de police de l'exploitation mentionnés à l'article 59 ou aux règles techniques et de sécurité en vigueur, le préfet met en demeure l'exploitant de présenter ses observations par lettre recommandée avec demande d'avis de réception. A défaut de réponse de l'exploitant ou si les observations sont jugées insuffisantes, l'interruption du service est ordonnée par arrêté.
En cas d'urgence, le préfet peut ordonner l'arrêt de l'exploitation sans mise en demeure préalable.
Le préfet autorise la reprise de l'exploitation dès que les conditions de sécurité sont rétablies.