La DSNA comprend :
- une direction des opérations ;
- une direction de la technique et de l'innovation ;
- une sous-direction de la planification et de la stratégie ;
- une sous-direction des ressources humaines ;
- une sous-direction des finances ;
- une mission de la sécurité, de la qualtié et de la sûreté ;
- une mission de l'environnement ;
- un cabinet, chargé notamment des courriers réservés et de la communication.
L'organisation interne de la DSNA est fixée par arrêté du ministre chargé de l'aviation civile.