Les ouvrages de collecte des effluents sont communs à l'ensemble des ateliers de l'établissement. Ils permettent la collecte des effluents suivants de l'INB :
- les eaux usées provenant des installations sanitaires, dirigées vers une fosse de dilacération située dans la partie sud de l'établissement d'où elles sont expédiées par pompage vers la station d'épuration de la société COGEMA ;
- les eaux pluviales et les eaux de refroidissement non uranifères, dirigées, via l'ICPE, par un réseau de canalisations enterrées vers le canal Est de l'établissement de la société COGEMA, qui procède au rejet de ces effluents dans le canal de Donzère-Mondragon via un bassin tampon de 15 000 m³ ;
- les eaux pluviales susceptibles d'être très légèrement contaminées, dirigées vers la structure 100E pour décontamination et conditionnement avant envoi vers la station de traitement des effluents chimiques (STEC) de la société COGEMA, qui procède au rejet de cet effluent dans le canal de Donzère-Mondragon ;
- les eaux de pluies récupérées dans la fosse de rétention de la structure 2450, dirigées vers la structure 100E pour conditionnement avant envoi vers la station de traitement des effluents chimiques de la société COGEMA (STEC), qui procède au rejet de cet effluent dans le canal de Donzère-Mondragon ;
- les effluents radioactifs liquides de procédé de la structure 2000, dirigés vers la structure 100E, après traitement (recyclage de l'ammoniaque), si nécessaire par la structure 900, pour conditionnement avant envoi vers la station de traitement des effluents chimiques (STEC) de la société COGEMA, qui procède au rejet de cet effluent dans le canal de Donzère-Mondragon ;
- les effluents radioactifs de lavage des précipités et des gaz de la structure 2100, dirigés vers la structure 900 pour décontamination puis vers la structure 100E pour conditionnement avant envoi vers la station de traitement des effluents chimiques de la société COGEMA (STEC), qui procède au rejet de cet effluent dans le canal de Donzère-Mondragon.