Les ressources du fonds mahorais de développement proviennent des crédits ouverts chaque année aux budgets du ministère chargé de l'outre-mer et de la collectivité départementale de Mayotte. Le fonds peut également recevoir d'autres concours publics, notamment de la Communauté européenne, lui permettant d'accroître le volume de ses interventions de soutien au développement des activités économiques et des emplois à Mayotte.