La sous-direction des entreprises de transport aérien prépare et met en oeuvre la politique vis-à-vis des transporteurs aériens établis en France.
A cette fin, sous réserve des attributions dévolues aux services déconcentrés de la direction générale de l'aviation civile, elle est notamment chargée de la délivrance des licences d'exploitation et des autorisations d'exploitation de services aériens aux transporteurs aériens établis en France ainsi que de la tutelle économique et financière de ces transporteurs.
Elle définit la réglementation relative à l'immatriculation des aéronefs et aux droits sur les aéronefs et tient le registre d'immatriculation prévu à l'article L. 121-2 du code de l'aviation civile.
Elle traite des questions relatives à certaines dessertes aériennes susceptibles de présenter un intérêt particulier.
Elle assure la coordination des questions juridiques relatives au transport aérien et, à ce titre, elle assure le secrétariat de la commission administrative de l'aviation civile prévue à l'article R. 160-3 du code de l'aviation civile.