La mission donne un avis sur les projets de création de filiales et de prises, de cessions ou d'extensions de participations financières envisagées par l'établissement public et par ses filiales directes, avant délibération de leurs instances statutaires. Cet avis est communiqué à ces instances.
Elle s'assure de l'application des conventions ou contrats passés entre l'établissement public et l'Etat ainsi que les autres collectivités publiques.
Elle procède à la vérification des sommes que l'Etat et les autres collectivités publiques versent à l'établissement public en application des dispositions réglementaires ou conventionnelles en vigueur.