Le fonds est géré par l'Agence française de sécurité sanitaire des produits de santé. Conformément au tableau des emplois arrêté par le comité d'orientation, l'agence procède au recrutement du personnel nécessaire au fonctionnement du fonds. L'équipe de gestion du fonds est chargée, sous l'autorité du directeur général de l'agence :
1° De préparer le cahier des charges des actions d'information financées par le fonds ;
2° De proposer les critères de sélection des actions pouvant bénéficier d'une participation financière du fonds, d'organiser la sélection et de proposer la liste des actions ;
3° De suivre la réalisation des actions retenues par le comité d'orientation ;
4° De préparer le budget annuel du fonds, le tableau des emplois et le rapport d'activité du fonds.