La direction du personnel militaire de la marine est dirigée par un directeur, officier général du corps des officiers de marine.
Il est assisté d'un directeur adjoint, qui le supplée en cas d'absence ou d'empêchement, et de trois sous-directeurs chargés respectivement de la gestion du personnel, de la gestion des compétences et de l'administration de la direction.
Indépendamment de leurs attributions, le directeur adjoint et les sous-directeurs peuvent se voir confier la coordination d'actions auxquelles participent tout ou partie des sous-directions et des organismes extérieurs de la direction.
Le délégué aux réserves de la marine, placé auprès du major général de la marine, exerce les fonctions de conseiller du directeur pour les réserves.