Les départements de la mission scientifique, technique et pédagogique, prévue aux articles 1er et 15 du décret du 7 avril 2003 susvisé, sont organisés comme suit :
 - le département mathématiques et leurs interactions ;
 - le département physique ;
 - le département sciences de la Terre et de l'univers, espace ;
 - le département chimie ;
 - le département biologie, médecine, santé ;
 - le département sciences humaines et humanités ;
 - le département sciences de la société ;
 - le département sciences pour l'ingénieur ;
 - le département sciences et technologies de l'information et de la communication ;
 - le département agronomie, productions animale et végétale, et agroalimentaire ;
 - le département environnement, énergie, ressources naturelles.