La sous-direction de la protection sociale prépare la politique de protection sociale à l'égard des personnes relevant du régime agricole et veille à sa mise en oeuvre.
Elle est chargée de la réglementation en matière de cotisations sociales agricoles et d'assujettissement au régime agricole.
Elle prépare la législation et la réglementation en matière d'assurance maladie, maternité, invalidité, décès, accident du travail et maladie professionnelle, d'action sanitaire et sociale, et de prestations familiales et de prestations vieillesse agricoles et veille à leur mise en oeuvre.
Elle contribue à la définition et participe à la coordination de l'action sociale menée par les organismes de protection sociale agricole.
Elle assure la préparation et l'exécution du budget annexe des prestations sociales agricoles. Elle participe à la préparation de la loi de financement de la sécurité sociale.
Elle participe aux négociations et à la conclusion des accords internationaux en matière de sécurité sociale, ainsi qu'à la mise en oeuvre de la réglementation européenne en matière de protection sociale.
Elle assure la tutelle sur les organismes de mutualité sociale agricole ainsi que sur les associations et groupements auxquels ils participent et le contrôle administratif sur les assurances mutuelles agricoles et les régimes de retraite complémentaire des exploitants et salariés agricoles ; elle fixe les objectifs des organismes de mutualité sociale agricole et en évalue la réalisation.