La sous-direction des opérations est chargée des missions relatives à l'appui aux services de l'Etat dans la mise en oeuvre de la politique de sécurité des systèmes d'information, mentionnées à l'article 2 du décret du 31 juillet 2001 susvisé.
Elle est chargée à ce titre de préparer le rapport annuel sur l'état de la sécurité des systèmes d'information.