Les heures supplémentaires effectuées par les agents du Conseil d'Etat relevant d'un régime de décompte horaire font l'objet d'une compensation en temps, dans un délai de deux mois pour les agents travaillant en cycle hebdomadaire. Lorsque ces heures supplémentaires ne peuvent faire l'objet d'une compensation horaire, elles sont indemnisées.
Les heures supplémentaires effectuées par les agents du Conseil d'Etat sont compensées nombre pour nombre pour celles accomplies dans la journée et nombre pour nombre avec application d'un coefficient de majoration de 1,25 pour celles accomplies la nuit, les samedis, dimanches et les jours fériés.
Toutefois, les heures effectuées pour le traitement du contentieux soumis au juge des référés statuant en urgence restent régies par le décret n° 2000-1392 du 26 décembre 2000 relatif à l'indemnisation des astreintes, des permanences et des interventions effectuées par les agents du Conseil d'Etat pour le traitement de ce contentieux, et sont compensées nombre pour nombre pour celles effectuées le dimanche, et nombre pour nombre avec application d'un coefficient 2 pour celles accomplies les jours fériés.