L'agent déféré devant la commission est destinataire, aussitôt que la commission est saisie, du dossier transmis à la commission, ainsi que de tous documents annexes.
L'agent en cause peut présenter devant la commission des observations écrites ou verbales, citer des témoins et se faire assister d'un défenseur de son choix, soit un avocat inscrit au barreau, soit un membre d'une organisation syndicale.
Le droit de citer des témoins appartient également à l'administration et à l'organisme dont relève l'agent déféré devant la commission.
Le président du conseil d'administration de l'organisme dont relève l'agent mis en cause, ou son représentant, est entendu par la commission.
Un représentant de la caisse nationale ainsi qu'un représentant du directeur régional des affaires sanitaires et sociales concerné peuvent également être entendus par la commission.
Lorsque l'agent déféré devant la commission est un agent de direction autre que le directeur et l'agent comptable, l'audition du directeur de la caisse de base à laquelle appartient l'agent est obligatoire.
Les témoins et intervenants sont entendus par la commission en présence de l'agent mis en cause, et du représentant de l'organisme dont il relève.