Le ministre de l'agriculture et de la pêche a autorité sur l'administration centrale du ministère de l'agriculture qui comprend, outre l'inspection générale de l'agriculture, le Conseil général du génie rural, des eaux et des forêts, le Conseil général vétérinaire, le haut fonctionnaire de défense et le bureau du cabinet qui sont directement rattachés au ministre :
- le secrétariat général ;
- la direction générale de l'alimentation ;
- la direction générale de l'enseignement et de la recherche ;
- la direction générale de la forêt et des affaires rurales ;
- la direction des pêches maritimes et de l'aquaculture ;
- la direction des politiques économique et internationale.
Pour l'exercice de ses attributions dans le domaine de la pêche maritime et des cultures marines, il dispose de la direction générale de la mer et des transports placée sous l'autorité du ministre des transports, de l'équipement, du tourisme et de la mer.
Pour l'exercice de ses attributions dans le domaine des affaires rurales, il peut faire appel à la délégation à l'aménagement du territoire et à l'action régionale.