Le secrétaire permanent et son suppléant, choisis parmi les membres de la commission, sont nommés par arrêté du Premier ministre, sur proposition conjointe du ministre chargé de l'industrie et du ministre de la défense. Ils ont voix délibérative.
(Art. 4 du décret n° 2001-417 du 11 mai 2001 relatif à la commission des installations nucléaires de base secrètes.)