Les ouvrages de stockage des effluents visés à l'article 3 doivent être dimensionnés de manière à éviter tout déversement dans le milieu naturel.
En cas d'épandage sur des terres agricoles, la capacité des ouvrages de stockage doit permettre de stocker la totalité des effluents produits pendant quatre mois au minimum. Les durées de stockage sont définies par le préfet et tiennent compte des particularités climatiques. Lorsque la présence des animaux dans les bâtiments est inférieure à quatre mois ou lorsque les effluents sont rejetés dans le milieu naturel après traitement, il en est tenu compte dans le calcul des capacités de stockage des effluents.
Les ouvrages de stockage à l'air libre des effluents liquides sont signalés et entourés d'une clôture de sécurité efficace et dotés, pour les nouveaux ouvrages, de dispositifs de contrôle de l'étanchéité.
Les fumiers compacts pailleux peuvent être stockés ou compostés sur la parcelle d'épandage à l'issue d'un stockage de deux mois sous les animaux ou sur une fumière dans des conditions précisées par le préfet et figurant dans l'arrêté d'autorisation de l'élevage. Le stockage du compost et des fumiers respecte les distances prévues à l'article 4 et ne peut être réalisé sur des sols où l'épandage est interdit. La durée de stockage ne doit pas dépasser dix mois et le retour sur un même emplacement ne peut intervenir avant un délai de trois ans.