Le ministre de l'agriculture et de la pêche a autorité sur l'administration centrale du ministère chargé de l'agriculture, de l'alimentation et de la pêche qui comprend, outre le Conseil général de l'agriculture, de l'alimentation et des espaces ruraux, le haut fonctionnaire de défense et de sécurité et le bureau du cabinet qui sont directement rattachés au ministre :
- le secrétariat général ;
- la direction générale de l'alimentation ;
- la direction générale de l'enseignement et de la recherche ;
- la direction générale de la forêt et des affaires rurales ;
- la direction des pêches maritimes et de l'aquaculture ;
- la direction générale des politiques économique, européenne et internationale.
Pour l'exercice de ses attributions dans le domaine de la pêche maritime et des cultures marines, il dispose de la direction générale de la mer et des transports.
Pour l'exercice de ses attributions en matière de commerce international, il peut faire appel à la direction générale du Trésor et de la politique économique.
Pour l'exercice de ses attributions dans le domaine des affaires rurales, il peut faire appel à la délégation interministérielle à l'aménagement et à la compétitivité des territoires.