A compter de son installation, l'agence assure les missions définies à l'article L. 114-3-1 du code de la recherche.
Les travaux engagés par le Comité national d'évaluation des établissements publics à caractère scientifique, culturel et professionnel, par le Comité national d'évaluation de la recherche et par les différentes instances d'évaluation des unités de recherche au moment de l'installation de l'agence sont menés à leur terme et soumis à la validation de l'agence.