Les agents chargés du contrôle, notamment ceux des services chargés de la police des eaux, ont constamment accès aux installations de prélèvement d'eau et de rejets. L'exploitant leur apporte toute aide nécessaire à la réalisation des prélèvements et des analyses.
Le service chargé de la police des eaux peut procéder à la vérification des dispositifs de mesure de l'exploitant.
Au moins une fois par an, les mesures et contrôles sont effectuées par un organisme extérieur choisi en accord avec le service chargé de la police des eaux.