Le directoire assure la direction de l'établissement et est responsable de sa gestion.
Il exerce toutes les compétences qui ne sont pas attribuées au conseil de surveillance, notamment :
1° Il propose au conseil de surveillance, sur sa demande ou celle de son président, les orientations de la politique de l'agence ;
2° Il met en oeuvre la politique déterminée par le conseil de surveillance en matière de financement des programmes et d'octroi des subventions, de conditions, notamment financières, imposées aux industriels en contrepartie des concours qui leur sont accordés et d'interruption des contrats et lui en rend compte régulièrement ;
3° Il propose au conseil de surveillance les programmes susceptibles d'être financés, les modalités de financement et, le cas échéant, l'interruption du financement ; il gère ces programmes ;
4° Il établit l'état prévisionnel de recettes et de dépenses et, après son approbation par le conseil de surveillance, l'exécute ;
5° Il soumet le compte financier de l'établissement au conseil de surveillance ;
6° Il établit le rapport annuel d'activité ;
7° Il recrute le personnel et a autorité sur lui ;
8° Il conclut les conventions et en contrôle le respect.