Les instituts concourent à l'élaboration du projet d'établissement de l'école. Ils sont administrés par un conseil et dirigés par un directeur choisi parmi les enseignants-chercheurs de l'école et nommé par le président de l'école, sur proposition du conseil de l'institut, après avis du conseil d'administration.
Chaque institut est créé, sur demande ou après avis du conseil d'administration de l'école, par arrêté du ministre chargé de l'enseignement supérieur qui fixe ses missions et ses compétences, la composition de son conseil, les modalités de désignation des membres de ce conseil, la durée des mandats de ses responsables et ses modalités de fonctionnement.
Le président du conseil est désigné dans les conditions prévues par l'arrêté de création de l'institut.