L'Etat conserve la responsabilité des tranches d'opérations qui ont fait l'objet d'un début d'exécution et dont il assurait la maîtrise d'ouvrage à la date de la signature de la convention prévue au troisième alinéa du I de l'article 99 de la loi du 13 août 2004 susvisée. Il conserve les dotations budgétaires permettant leur financement.
La convention entre l'Etat et la région ou le département définit les modalités de transfert de la maîtrise d'ouvrage.
L'Etat liquide les subventions déjà attribuées à la date de la mise en oeuvre de l'expérimentation fixée par la convention.