La direction générale de l'enseignement et de la recherche comprend :
1. La sous-direction des politiques de formation et d'éducation ;
2. La sous-direction des établissements et de la politique contractuelle ;
3. La sous-direction de la recherche, de l'innovation, du développement et de la coopération internationale ;
4. La sous-direction de la stratégie en formation, recherche et développement ;
5. La mission des affaires générales ;
6. La mission de contrôle de gestion ;
7. La mission de l'information et de la communication.