La mission de contrôle de gestion est placée auprès du directeur général. Elle lui apporte une aide au management dans l'organisation, le pilotage stratégique et opérationnel et la conduite du changement.
Elle est chargée de la conception et de l'actualisation des méthodes et des outils visant la maîtrise des différents volets de la performance de l'action de la direction en liaison avec les systèmes d'information et l'organisation budgétaire et comptable. A cette fin, en liaison avec la mission de contrôle de gestion du ministère chargée d'en définir les modalités et d'en coordonner la mise en oeuvre, elle anime l'organisation du contrôle de gestion dans les établissements nationaux et locaux d'enseignement agricole public.
Elle organise le dialogue de gestion interne à la direction, entre la direction et les directions régionales de l'agriculture et de la forêt et entre la direction et les établissements publics d'enseignement agricole, nationaux et supérieurs.