Les compensations financières de l'Etat font l'objet de règlements sous forme d'acomptes et de soldes calculés au vu des résultats réels du transporteur sur la liaison concernée, dans la limite du montant demandé lors de l'appel d'offres pour chaque année d'exploitation.
La réalisation d'un nombre d'allers et retours inférieur au minimum imposé par les obligations de service public et la réalisation de vols ne respectant pas ces obligations ne font pas obstacle au versement intégral de la compensation financière de l'Etat, sous réserve que ne soient directement imputables au transporteur que les manquements correspondant par an à au plus 3 % des vols prévus dans lesdites obligations.
Si les obligations de service public ne sont pas intégralement respectées, pour des raisons imputables au transporteur, le montant maximal de la compensation financière est réduit pour tenir compte des manquements constatés. En cas de manquements graves aux obligations de service public, l'Etat ou la collectivité territoriale ou la personne publique intéressée peuvent résilier la convention aux dépens du transporteur.