Lorsque la commission siège en formation dite « de la protection de la nature », elle comprend en outre cinq personnalités qualifiées en matière de protection de la faune et de la flore sauvages ainsi que des milieux naturels désignées par le préfet, dont deux représentants d'associations de protection de l'environnement agréées au titre de l'article L. 141-1.