Le préfet du département ou le préfet de région procède à l'instruction de la demande et consulte pour avis le directeur régional de l'environnement ainsi que les services déconcentrés intéressés.
Il recueille également l'avis du procureur général près la cour d'appel dans le ressort de laquelle l'association a son siège social.
Lorsque l'agrément est sollicité dans un cadre communal ou intercommunal, le préfet recueille l'avis du maire de la commune où l'association a son siège social.